Odborné hodnotící komise zajišťují odborné a ekonomické posouzení a hodnocení návrhů Projektů, dílčích a závěrečných zpráv Projektů. Členy Komisí, včetně jejich předsedů a místopředsedů, jmenuje a odvolává předseda AZV na návrh předsednictva AZV, které vybírá členy Komisí z návrhů MZ a odborné veřejnosti.

Složení Komisí, způsob jejich činnosti, podmínky nepodjatosti členů Komise, způsob nakládání s údaji obsaženými v návrzích Projektů jsou upraveny Statutem a jednacím řádem Komisí.

V čele Komise je předseda a místopředseda. Komise zejména zajišťují interní posouzení návrhů Projektů, zajišťují vypracování posudků návrhů Projektů externími oponenty a připravují podklady a doporučení pro jednání Rady  odborných garantů. Dále hodnotí dílčí a závěrečné zprávy o řešení Projektů a připravují doporučení pro jednání Rady odborných garantů týkající se postupů řešení a výsledků přijatých Projektů.

Předseda Komise se po dobu funkčního období nemůže ucházet o účelovou podporu v pozici navrhovatele / řešitele. Členům Komise náleží za výkon činností spojených s výkonem této funkce odměny. Odměny členů Komise stanovuje předseda AZV na návrh předsednictva AZV.

Odborné hodnotící komise AZV:

A. Diagnostické, terapeutické a preventivní metody
prof. MUDr. Pavel Dřevínek, Ph.D. (předseda)
MUDr. Petr Jakubec, Ph.D.
MUDr. Antonín Malina, Ph.D.

B. Intenzivní péče
prof. MUDr. Vladimír Šrámek, Ph.D. (předseda)
doc. MUDr. Roman Škulec, Ph.D.
doc. MUDr. Pavel Dostál, Ph.D.

C. Operační obory
doc. MUDr. JUDr. Dušan Klos, Ph.D., LL.M. (předseda)
prof. MUDr. Zdeněk Krška, CSc.
prof. MUDr. Jiří Hoch, CSc.

D. Duševní zdraví
PhDr. Petr Winkler, Ph.D. (předseda)
prof. MUDr. Ladislav Hosák, Ph.D.
doc. MUDr. Jan Vevera, Ph.D.

E. Imunologické a virologické studie
prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc. (předseda)
doc. MUDr. Ondřej Beran, Ph.D.
Mgr. Michal Křupka, Ph.D.