Členy předsednictva AZV ČR jmenuje a odvolává na návrh odborné veřejnosti a MZ předseda AZV. Výkon funkce člena předsednictví AZV je neslučitelný s činností v Panelech, Vědecké radě, Kontrolní radě AZV a KPN. Funkční období členů předsednictva je dvouleté s možností prodloužení o nejvýše dvě další po sobě následující funkční období.
Členové předsednictva AZV se po dobu funkčního období nemohou ucházet o účelovou podporu v pozici navrhovatele / řešitele.

Předsednictvo AZV zejména:

a) Navrhuje vyhlášení a případné zrušení veřejných soutěží ve výzkumu, vývoji a inovacích ve zdravotnictví (dále jen „Veřejná soutěž“);

b) Předkládá ke schválení zadávací dokumentaci pro vyhlášení Veřejné soutěže;

c) V případě potřeby poskytuje konzultace KPN ohledně přijetí nebo nepřijetí návrhu Projektu do Veřejné soutěže;

d) Předkládá MZ návrh Vědecké rady na uzavření smluv o poskytnutí podpory nebo vydání rozhodnutí o navýšení rozpočtu;

e) Koordinuje činnost Panelů, Vědecké rady, Kontrolní rady a KPN, Rady odborných garantů a Komisí, spolupracuje při kontrole plnění cílů Projektů a hodnotí dosažené výsledky, může doplnit návrh Projektů ke kontrole na řešitelském pracovišti, který předkládá MZ Vědecká rada;

f) Předkládá návrh rozpočtu AZV;

g) Předkládá ke schválení návrh Statutu AZV nebo jeho změn;

h) Schvaluje organizační řád AZV, navrhuje ke schválení Jednací řád předsednictva a Statut a jednací řád Vědecké rady, Panelů AZV, Rady odborných garantů a Komisí a KPN po projednání s MZ;

i) Předkládá MZ minimálně jedenkrát ročně informaci o činnosti AZV, včetně informace o jednotlivých soutěžích ve výzkumu, vývoji a inovacích.